Les écosystèmes lacustres français abritent une biodiversité remarquable et rendent de nombreux services à la société mais ils sont soumis à des pressions croissantes. À l’interface entre science et gestion, le Pôle R&D ECLA1 mobilise la recherche pour produire des connaissances et des outils opérationnels pour préserver, restaurer et accompagner l'adaptation des lacs face aux défis de l'Anthropocène. Ce numéro met en lumière vingt-trois résultats marquants issus du programme 2019-2024.

La planéte connait actuellement une accélération des bouleversements environnementaux. Définie scientifiquement comme « la grande accélération » (Steffen, 2022 ; McNeill, 2023), cette période correspond à l’entrée dans une nouvelle ère, celle de l’Anthropocène. Elle se caractérise notamment par des impacts simultanés et interconnectés des activités humaines sur le climat, l’eau, la biodiversité, l’alimentation et la santé, défini comme le Nexus (IPBES, 2024a)2. Dans ce contexte de crises mondiales, les écosystèmes aquatiques apparaissent particulièrement vulnérables et connaissent parmi les plus fortes érosions de biodiversité à l’échelle mondiale (WWF, 2024)3. Face à ce constat, la science ne peut se limiter à décrire et à prédire les évolutions en cours, elle doit également favoriser une appropriation plus rapide de ses résultats par la société et contribuer activement à la formulation de solutions pour atténuer, voire enrayer, les impacts de ces transformations. Ce repositionnement de la science au cœur de la société, des entreprises et des politiques publiques, fait partie intégrante des stratégies proposées par l’IPBES pour engager des changements transformateurs permettant de lutter efficacement contre les crises du Nexus (IPBES, 2024b).

La création des pôles R&D, bien que plus ancienne, s’inscrit dans une logique similaire : appuyer scientifiquement la mise en œuvre des politiques publiques environnementales françaises en se plaçant à l’interface entre science et gestion. Cette démarche vise à accélérer le transfert des connaissances vers la société, à éclairer les processus de décision et à mettre à disposition des outils performants pour l’action.

Des parallèles peuvent être établis avec le domaine de la santé humaine, où, afin de structurer les démarches « science-action », des centres nationaux de référence ont été mis en place pour la prise en charge des maladies rares4. Leur organisation et leurs objectifs résonnent fortement avec ceux des pôles R&D, centrés sur les enjeux de « santé environnementale », en particulier pour la préservation et la restauration des écosystèmes aquatiques. Créés en 2007, en parallèle de l’Office national de l’eau et des milieux aquatiques (Onema), devenu depuis l’Office français de la biodiversité (OFB), les pôles R&D constituent des équipes scientifiques pluridisciplinaires originales, associant des agents de l’OFB, établissement public dédié à la protection et à la restauration de la biodiversité, et des scientifiques issus d’organismes de recherche. Ensemble, ils forment des équipes nationales de référence sur des thématiques à forts enjeux pour la biodiversité. Leurs principales missions sont les suivantes :

C’est en 2009 que le Pôle, initialement dénommé « Pôle d’étude et de recherche Hydroécologie des plans d’eau », est créé entre des équipes spécialisées du Cemagref (devenue Irstea puis INRAE) et de l’Onema (devenu Agence française de la biodiversité puis OFB). À cette époque, la directive européenne cadre sur l’eau (DCE, 2000) doit être déclinée en France et il existe de nombreuses lacunes en termes d’outils de surveillance et d’évaluation de l’état écologique des écosystèmes lacustres. Les scientifiques de l’Onema et du Cemagref sont alors regroupés en une équipe commune et s’emploient à développer les méthodes standardisées qui permettront de surveiller l’hydromorphologie, la physicochimie, et les compartiments biologiques, ainsi que de déterminer l’état écologique des lacs à travers différents outils de bioindication. Les réseaux de surveillance de la DCE étant majoritairement composés de plans d’eau supérieurs à cinquante hectares, ces développements ont prioritairement été pensés pour des masses d’eau de grandes dimensions.

Le Pôle R&D ECLA a progressivement été identifié par les acteurs de l’eau et de l’environnement, comme une structure de référence au niveau national et a ainsi été sollicité pour répondre à d’autres enjeux que ceux de la mise en œuvre de la DCE : effets du changement climatique, préservation d’espèces patrimoniales, lutte contre les espèces invasives, atténuation des effets délétères de certains usages et restauration écologique. Face à ces nombreuses sollicitations, des collaborations avec d’autres équipes de recherche se sont développées. C’est ainsi que dix ans après sa création, le Pôle a choisi d’embrasser une plus large gamme de thématiques scientifiques et d’augmenter ses compétences en s’associant à l’unité mixte de recherche CARRTEL (INRA – USMB)7, à l’unité EABX8 du centre Irstea de Bordeaux, et au Pôle « étangs continentaux » de l’ONCFS9. Il devient ainsi le 1er janvier 2019 le Pôle R&D Écosystèmes Lacustres (ECLA) (photo 1). Anticipant d’un an la fusion de l’INRA et d’Irstea d’une part, et de l’AFB et de l’ONCFS d’autre part, le Pôle est devenu en 2020 une structure rassemblant trois organismes : l’OFB, INRAE et l’USMB. Ce partenariat scientifique a été prolongé en 2025 pour six années supplémentaires avec un nouveau programme scientifique tourné vers l’innovation, l’action et la médiation scientifique.

Le collectif du Pôle est majoritairement (64 %) composé de chercheurs, dont un tiers sont en contrat à durée déterminée, qui pilotent, réalisent et valorisent les projets (une collection dédiée dans la base de données HAL a été créée : https://hal.science/POLE_RD_ECLA). Les travaux sont conduits avec l’appui de personnels techniques spécialisés (techniciens, assistants ingénieurs et ingénieurs d’étude) impliqués à la fois dans des tâches scientifiques et techniques et dans l’animation et la coordination des travaux avec des partenaires gestionnaires et les services territoriaux de l’OFB. Une des forces du Pôle R&D ECLA est de pouvoir s’appuyer sur des collaborations étroites avec les services territoriaux de l’OFB (services connaissances, laboratoires d’hydrobiologies) et les Agences de l’eau. Avec l’appui de ce maillage national d’experts, le Pôle peut rapidement acquérir un grand nombre de données sur l’ensemble du territoire, mais aussi déployer, tester, améliorer et valider à grande échelle les méthodes et outils qu’il développe.

Pour coordonner et animer ce collectif, le Pôle s’est doté de quatre niveaux d’organisation. Le premier se matérialise par quatre axes thématiques, qui structurent le programme scientifique, chaque axe étant animé par deux scientifiques (en général un OFB et un académique). L’objectif principal est de dynamiser l’animation scientifique des agents du Pôle autour des sujets portés dans l’axe thématique et de coordonner et prioriser la programmation des projets de recherche. Le second niveau d’organisation est la direction du Pôle, composée d’un directeur représentant l’OFB et un directeur adjoint représentant les organismes de recherche. La direction fait le lien avec les tutelles, les ministères en charge de l’environnement et de la recherche, les instances nationales et internationales, les acteurs scientifiques et de la gestion des plans d’eau. Elle est en charge de l’élaboration des orientations stratégiques du Pôle, de la programmation annuelle priorisée sur les plans scientifiques, techniques et budgétaires, et de l’organisation, la coordination et l’animation avec les responsables des axes thématiques. Le troisième niveau d’organisation est le comité de direction (CODIR) composé de la direction du Pôle et d’un représentant de chacune des unités de recherche constitutives afin d’assurer la pleine convergence des orientations du Pôle et des unités de recherche, de prioriser la programmation annuelle, et de construire une vision prospective partagée des orientations scientifiques et des moyens humains. Enfin, le quatrième et dernier niveau d’organisation est delui du comité de pilotage (COPIL), composé des membres du CODIR et de représentants des directions des établissements partenaires du Pôle. Les principales missions de ce COPIL sont de vérifier que les objectifs du Pôle soient en adéquation avec la politique scientifique et les missions des établissements partenaires et de valider la programmation des projets de recherche.

Outre la mutualisation des moyens humains à travers cette organisation, l’une des grandes forces du Pôle R&D ECLA est aussi de partager les infrastructures scientifiques souvent très coûteuses et l’ensemble des moyens techniques des différentes équipes qui le composent. Les agents du Pôle ont ainsi accès à d’importants moyens, notamment des laboratoires et des plateformes d’analyse de haut niveau, des mésocosmes10, des chambres climatiques, des serveurs informatiques (dont des serveurs de calcul puissants), ou bien encore à d’importants moyens naviguants (photo 2).

Le programme scientifique (2025-2030), fruit de réflexions collectives au sein du Pôle, a été construit à partir de l’analyse critique du précédant programme (2019-2024) et de la remontée des besoins de connaissances identifiés par les décideurs et les acteurs publics : ministère en charge de l’environnement, services territoriaux et centraux de l’OFB, Agences de l’eau, Offices de l’eau, directions régionales de l'environnement, de l'aménagement et du logement, parcs nationaux. Face à l’accélération des bouleversements environnementaux, le Pôle doit à son échelle, tenter de limiter l’érosion de la biodiversité et la dégradation du fonctionnement des écosystèmes lacustres en s’inscrivant pleinement dans une démarche « science-action ». Outre les objectifs de développement des connaissances scientifiques, une attention particulière a donc également été portée aux missions de valorisation, de transfert opérationnel et plus globalement de médiation scientifique du Pôle.

Les principales inflexions de ce nouveau programme ont été :

Dans le contexte d’un Anthropocène marqué par l’intensification des pressions environnementales, les écosystèmes lacustres apparaissent comme des sentinelles particulièrement sensibles des changements globaux. La structuration du Pôle R&D ECLA (OFB – INRAE – USMB), est un dispositif original et intégré qui permet de renforcer l’articulation entre production de connaissances scientifiques et action publique. Les travaux menés au cours des dernières années, ainsi que les perspectives pour la période 2025-2030, témoignent de la capacité du Pôle à mobiliser des approches variées et des outils innovants pour mieux comprendre, surveiller et gérer ces milieux complexes. Qu’il s’agisse de l’évaluation de la biodiversité, de l’analyse des impacts du changement climatique, de la prise en compte des pressions anthropiques ou du développement de solutions de restauration, les résultats produits contribuent à éclairer les décisions publiques et à améliorer les pratiques de gestion. Au-delà de la production scientifique, la force d’ECLA réside également dans sa capacité à structurer le transfert des connaissances vers les gestionnaires, les décideurs et plus largement la société.

Cette interface science-gestion constitue un levier essentiel pour répondre aux défis actuels, dans un contexte où les enjeux liés à l’eau, à la biodiversité et au climat sont étroitement imbriqués. En consolidant ses actions de recherche, d’expertise et de valorisation, le Pôle R&D ECLA, soutenu par ses trois tutelles (OFB – INRAE – USMB), s’inscrit pleinement dans une dynamique de transformation des politiques environnementales, en apportant des solutions pour assurer la préservation des écosystèmes lacustres.

Merci à Patrick Lavarde, premier directeur général de l’Onema, qui a eu cette vision « avangardiste » de l’intérêt de la création de Pôles R&D. Merci à Christine Argillier qui a été à l’initiative de la création du Pôle R&D « Hydroécologie des plans d’eau » et qui en a été la première directrice de 2009 à 2012. Merci à Martin Daufresne, directeur adjoint du Pôle R&D « Hydroécologie des plans d’eau » de 2013 à 2018. Merci à Anne Tessier pour son aide indispensable à la bonne réalisation de ce numéro spécial ainsi qu’aux coordinateurs des articles qui ont permis la finalisation des papiers. Merci à l’ensemble du personnel permanent et en CDD qui a oeuvré pour le Pôle depuis le début, sous ses différentes appellations. C’est votre travail qui a permis son existence, son renforcement et ce numéro spécial.

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Photo d’entête : © Pôle R&D ECLA