Une étude inédite de métabarcoding pour étudier le régime alimentaire de l'apron

Résumé

Les études de régime alimentaire sont essentielles pour déterminer les exigences d'une espèce menacée en termes d'habitat trophique, notamment en vue de guider sa gestion, sa conservation ou la restauration de son habitat. Dans le cadre du Plan National d'Actions en faveur de l'apron du Rhône (2012-2016), nous avons développé et utilisé une méthode moléculaire innovante (le métabarcoding) pour déterminer et quantifier le régime alimentaire de l'apron à partir de ses fèces. Parallèlement, nous avons mené un échantillonnage intensif des micro-habitats de rivière afin de caractériser la communauté des proies potentielles de l'apron (abondances, occurrences et habitats physiques des macroinvertébrés benthiques). Cette approche nous a permis d'acquérir une connaissance très précise des exigences trophiques de l'apron du Rhône en termes de proies et d'habitats. Elle a aussi mis en évidence le rôle déterminant que joue la diversité et la structure de la communauté de macroinvertébrés sur les variations saisonnières du régime alimentaire et du coefficient de condition de l'apron. Notre étude a ainsi permis de mettre en lumière certains paramètres clefs pour une meilleure gestion de la capacité d'accueil de son habitat.