Pourquoi les migrateurs amphihalins ?

Les espèces migratrices amphihalines sont les animaux aquatiques, poissons et macrocrustacés en majorité, qui effectuent leurs cycles biologiques alternativement entre les milieux aquatiques continentaux et marins. Les plus connues sont des poissons comme le saumon Atlantique Salmo salar, l’esturgeon européen Acipenser sturio ou l’anguille européenne Anguilla anguilla, mais certaines espèces de lamproies et crustacés peuvent aussi être amphihalines. On les retrouve sur la majeure partie des territoires français, d’Hexagone et d’Outre-mer, malgré leur raréfaction lors du siècle écoulé. Ce sont des espèces à valeur patrimoniale et économique (pêches professionnelles et amateurs). De par leurs cycles biologiques particuliers, elles sont sensibles aux pressions océaniques et continentales, notamment les ruptures de continuité écologique sur leurs routes migratoires. De fait, beaucoup d’entre elles ont des statuts de conservation préoccupants voire critiques, et sont listées aux annexes des grandes conventions ou règlements internationaux sur la biodiversité (DHFF, DCSMM, Bonn, Berne, OSPAR, CITES notamment ; les sigles sont expliqués dans l’encadré 1). Elles font aussi l’objet de réglementations spécifiques (règlement européen anguille, articles R436-44 et suivants du code de l’environnement, plans nationaux d’actions).

De ce fait, les migrateurs amphihalins font l’objet d’une attention particulière de la part de nombreux acteurs en prise avec les enjeux de la biodiversité, de la préservation et de la restauration de la nature. La commission européenne et diverses organisations internationales sont impliquées, souvent via des comités d’experts internationaux (CIEM, UICN, OCSAN). Au niveau national, le sujet des migrateurs amphihalins concerne plusieurs directions ministérielles en charge de l’écologie et de la pêche (DEB et DGAMPA au ministère de la Transition écologique, de la Biodiversité, de la Forêt, de la Mer et de la Pêche), ainsi que leurs services déconcentrés (DREAL, DIRM, DDTM), et les Agences et Offices de l’eau. De plus, on compte sur le territoire un important maillage de structures techniques en charge des suivis des poissons migrateurs et de la restauration de leurs habitats (EPTB, fédérations de pêche, associations migrateurs, parcs régionaux, communautés d’agglomérations). Enfin, différents acteurs du monde socio-professionnel entretiennent un lien direct avec les migrateurs amphihalins et/ou leur environnement : pêche professionnelle ou de loisirs, production d’électricité, activités des zones portuaires et voies navigables, audits environnementaux.

Dans ce contexte et en interaction avec ces acteurs, le pôle pour la gestion des MIgrateurs AMphihalins dans leur Environnement (MIAME) agit en anticipation ou en réponse aux questions relatives à la gestion des espèces amphihalines. Il développe des activités opérationnelles pour préserver cette biodiversité remarquable et ses spécificités, ainsi que les écosystèmes continentaux, estuariens et marins qui les abritent.

Le pôle MIAME

Qui sommes-nous ?

Les activités du pôle MIAME prennent leur source dans les travaux pionniers débutés dans les années 1970 entre le Conseil supérieur de la pêche et l’INRA, sur les populations de poissons migrateurs amphihalins de l’Hexagone (Baglinière et Porcher, 2019). Au fil des décennies et au gré des remaniements des organismes, un accord-cadre fut signé en 2008 entre l’Office national de l’eau et des milieux aquatiques (ONEMA) et l’INRA, dont l’un des domaines concerne le fonctionnement des écosystèmes aquatiques et les changements globaux. Alimenté par de nombreuses recherches sur les migrateurs amphihalins, cet accord-cadre resserre un peu plus les liens entre les équipes des deux organismes. Un premier pôle de recherche et développement entre l'ONEMA et l'INRA est créé en 2013 (pôle Gest’Aqua 2013-2018). Fruit d’un processus long d’une cinquantaine d’années de collaboration, c’est finalement en 2019 que fût adoptée la convention de partenariat public-public entre les quatre organismes qui contribuent actuellement au pôle MIAME¹ : OFB, INRAE, L’Institut Agro et l’Université de Pau et des Pays de l’Adour (UPPA).

Le pôle MIAME regroupe une grande partie des équipes de recherche travaillant sur les espèces amphihalines à l’échelle nationale (figure 1). Il mobilise des moyens humains et financiers des quatre établissements partenaires (encadré 2). Des collaborations avec d’autres équipes nationales sont aussi établies sous l’égide du pôle. Le pôle intègre enfin les observatoires long terme de l’ORE DiaPFC², avec des agents qui font fonctionner ces installations et contribuent au développement des activités du pôle sur ces sites. Ainsi, c’est une quarantaine d’agents titulaires qui participe régulièrement au collectif du pôle, à laquelle s’ajoute une trentaine d’agents contractuels, étudiants ou stagiaires.

Figure 1. Implantations nationales du pôle MIAME.

Quelles sont les missions du pôle MIAME ?

Le pôle MIAME a pour objet d’étude les migrateurs amphihalins et leurs habitats continentaux et marins. Les sujets investis sont la démographie et l’évolution des populations, les effets des pressions anthropiques sur ces populations et leurs habitats, ainsi que les moyens de les préserver et de les restaurer.

Pour couvrir ces domaines, les activités du pôle MIAME s’organisent selon cinq missions :

• Production de connaissances sur les populations d’amphihalins et leurs habitats, ainsi que les pressions qu’ils subissent. Les projets de recherche opérationnelle peuvent être développés en propre ou au sein de programmes plus larges dans lesquels le pôle tient un rôle de partenaire (projets européens Interreg, Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche par exemple). Par les projets de recherche pilotés et les données acquises, le pôle produit et transfère ses connaissances au niveau régional, national et international.

• Observatoires à long terme. Il s’agit des rivières index au plan international, dont les séries chronologiques et échantillons sont mises à disposition via différents canaux (Global Biodiversity Information Facility, Data Collection Framework, Système d'information de l'inventaire du patrimoine naturel) selon une démarche de science ouverte. Ces ressources permettent d’étudier les évolutions à long terme. Ce sont aussi des lieux privilégiés d’expérimentation pour les projets du pôle.

• Sites pilotes. Ce sont des sites sur lesquels le pôle accompagne scientifiquement des opérations « grandeur nature » de gestion des territoires et de la biodiversité, au côté des acteurs territoriaux. Pour évaluer l’effet de ces opérations, le pôle participe en particulier au suivi des populations de migrateurs amphihalins. Les opérations doivent être innovantes, soit dans les outils et méthodes mis en œuvre, soit dans leur dimensionnement à large échelle.

• Expertise scientifique et appui aux politiques publiques. Elle peut être collective sur demande institutionnelle, ou individuelle et liée à l’appui ou au conseil, au niveau régional, national et international (COGEPOMI, UICN, groupes de travail récurrents du CIEM sur les migrateurs, OSPAR). En appui aux politiques publiques, le pôle contribue aux évaluations dans le cadre des directives européennes (DCSMM, DHFF notamment) et émet des recommandations portant sur les méthodes de suivi, d’évaluation ou de gestion des migrateurs amphihalins et de leurs habitats.

• Innovation, diffusion et formation. Le pôle synthétise et diffuse les connaissances acquises en propre ou par des partenaires, notamment via son portail HAL³ et par des communications grand public (communiqués de presse, média, salons, événements). Il innove par des mises au point (équipements ou logiciels) en interne ou en partenariat et des tests de nouvelles solutions technologiques. L’activité de formation continue cible les gestionnaires, alors que la formation initiale dans les établissements d’enseignement associés contribue à préparer les professionnels et acteurs futurs de la gestion des migrateurs amphihalins.

Présentation du numéro spécial

Après un premier article rappelant ce qu’est un migrateur amphihalin et donnant certaines définitions utiles à la compréhension des enjeux autours de ces espèces (Rochard et al., 2025), les résultats sont déclinés en trois axes qui structurent les activités du pôle : 1) évaluation des populations de migrateurs amphihalins, 2) évaluation des impacts anthropiques sur les populations et leurs environnements, 3) l’expertise et l’aide à la décision pour la conservation, la restauration et l’adaptation aux changements globaux.

Évaluation des populations de migrateurs amphihalins

L’évaluation de l’abondance des populations est une activité centrale du pôle, qu’il s’agisse d’espèces exploitées par la pêche ou non. Elle permet de mettre à jour le statut de conservation des espèces et de rapporter l’état des populations aux instances nationales et internationales en charge de leur préservation et de leur gestion. Le travail porte sur l’amélioration des techniques d’échantillonnage (présence, comptage), de collecte de données individuelles (biométrie, traits de vie, tissus) et des méthodes d'estimation (modélisation) des abondances, des flux migratoires et de renouvellement des populations.

Les connaissances sur l’écologie des migrateurs amphihalins sont très inégales selon les espèces. Parmi les moins connues, les lamproies ont fait l’objet d’un effort de recherche particulier. Notamment, entre lamproies de Planer et lamproies fluviatiles, l’identification taxonomique au stade juvénile est difficile voire impossible sur critères morphologiques seuls. Souissi et al. (2025) ont développé un marqueur moléculaire discriminant, qui peut être utilisé lors des opérations de recensement des populations dans le milieu naturel. Chez la lamproie marine, Dhamelincourt et al. (2025) proposent un modèle pour estimer le nombre de géniteurs dans un cours d’eau, à partir d’un comptage visuel des nids (ou frayères) en période de reproduction. Pour d’autres espèces, le recours à d’autres outils est nécessaire pour estimer la population, et les caméras acoustiques représentent une option prometteuse. Martignac et al. (2025) proposent une méthode de traitement automatisé des enregistrements acoustiques, étape nécessaire pour pouvoir déployer plus largement le suivi des migrateurs amphihalins via cette technologie non invasive. Dans un autre registre, Quéméré et al. (2025) ont testé l’analyse des fragments d’ADN dans l’eau (ou ADN environnemental, ADNe), et montrent le potentiel et les limites d’une telle méthode pour le suivi quantitatif des migrations d’amphihalins en cours d’eau. Chez le saumon Atlantique enfin, face au déclin actuel des populations, Vignon et al. (2025) ont testé l’analyse des éléments contenus dans les écailles comme substitut peu invasif pour identifier l’origine géographique natale des individus.

Évaluation des impacts anthropiques sur ces populations et leur environnement

Les populations de migrateurs amphihalins font face à de multiples pressions au cours de leurs cycles biologiques en milieux aquatiques continentaux et marins. Les actions du pôle visent à identifier les causes et les processus impliqués dans leur déclin observé. Selon les espèces et les contextes, les pressions principales sont directes (prédation, pêche, parasitisme, blessures létales) ou indirectes lorsqu’elles concernent les habitats (fragmentation, dégradation, disponibilité des ressources alimentaires). Elles peuvent se cumuler, affecter une ou plusieurs populations, une espèce ou la communauté dans son ensemble. L’évolution du climat est aussi prise en compte pour comprendre certaines tendances démographiques récentes et à venir des populations.

Un cycle de synthèses sur les populations d’espèces amphihalines et les pressions qu’elles subissent a été entrepris par André et al. (2025), aboutissant à un recensement exhaustif des connaissances et des données disponibles à l’échelle de la France hexagonale. Concernant la pression des pêches récréative et professionnelle, Boulenger et al. (2025) dressent un bilan des suivis réalisés par le pôle pour le saumon Atlantique, la truite de mer et l’anguille européenne. Pour le saumon en particulier, Lebot et al. (2025) ont élaboré des modèles sur les séries temporelles d’abondance, permettant d’objectiver l’évolution des taux d’exploitation des stocks au cours des cinq dernières décennies en France. La composition du substrat est un paramètre d’habitat central du taux de survie précoce des stades juvéniles dans les frayères, et Forget et al. (2025) proposent une méthode novatrice et non invasive de photogrammétrie subaquatique pour en caractériser la qualité. Enfin, Lasne et al. (2025) présentent les avantages d’associer des capteurs miniatures à la télémétrie conventionnelle pour mieux décrire les performances des poissons face aux pressions anthropiques qu’ils subissent lors de leur migration en rivière.

Expertise et aide à la décision pour la conservation, la restauration et l’adaptation aux changements globaux

À partir des connaissances acquises, des approches de modélisation rétrospectives et prospectives permettent d’explorer des scénarios de gestion des migrateurs amphihalins. La démarche inclut l’évaluation des mesures actuelles de gestion, ainsi que la conception de nouvelles mesures (mise en place de quotas, réduction des pressions, restauration des habitats et des continuités). L’ensemble alimente les différents exercices de rapportage liés aux règlements européens dans lesquels le pôle est engagé, et plus généralement la formulation de recommandations en appui aux politiques publiques locales, nationales et internationales.

Face au déclin alarmant des populations de saumon Atlantique, un important travail de révision du modèle d’estimation des stocks à l’échelle de l’Atlantique Nord a été réalisé par Rivot et al. (2025) et adopté par le CIEM. À l’échelle régionale, un vaste exercice d’aide à la décision a été mené par Prévost et al. (2025) pour réviser les règles de régulation de l’exploitation de l’espèce par pêche à la ligne en Bretagne, en étroite concertation avec les acteurs de la gestion, exercice qui doit être reconduit en Normandie. Dhamelincourt et al. (2025) ont analysé les données disponibles sur les populations d’aloses et de lamproies en France et réuni un panel d’experts qui alertent sur l’urgence à renforcer les mesures de conservation pour ces espèces. Dubost et al. (2025) ont constitué une base de données inédites de captures des amphihalins migrateurs en mer qui permet, grâce à une approche de modélisation innovante, de cartographier leurs distributions marines et de cibler les zones à risque. Finalement, Soissons et al. (2025) présentent la genèse d’un programme de recherche pluridisciplinaire sur le site pilote de la Sélune, fleuve à enjeux migrateurs de la Baie du Mont Saint-Michel, offrant un retour d’expérience pour les politiques de restauration des continuités écologiques en cours d’eau.

Les articles de ce numéro spécial de la revue Science Eaux &Territoires proposent une sélection de résultats obtenus sur la période 2019-2024, et leurs implications pour la gestion et la préservation des migrateurs amphihalins et de leurs habitats. Fort de ce bilan, les quatre établissements ont décidé de renouveler la convention de coopération du pôle MIAME, prolongeant ainsi ses activités jusqu'en 2031

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Photo d’entête : V. Pagneux (INRAE)