Introduction 

De 2023 à 2025, les associations de Poitou-Charentes Nature ont dressé un état des lieux de la flore des rivières des quatre départements de l’ex-région Poitou-Charentes, qui se trouvent sur le territoire de deux agences de l’eau : Adour-Garonne et Loire-Bretagne. Ce projet mûri depuis une décennie vient combler un manque de données et de connaissances sur cette thématique, malgré le haut niveau de patrimonialité déjà connu des herbiers aquatiques et le degré de menace pesant sur ces milieux (Bensettiti et al., 2005).

Ce programme visait ainsi à améliorer les connaissances sur la flore des rivières en s’appuyant sur :

• 336 placettes de suivi selon un protocole inspiré de l’IBMR¹ pour dresser un état initial dans un objectif de suivi à long terme ;
• l’acquisition de données floristiques sur le terrain, notamment sur divers groupes mal connus : potamots, callitriches, renoncules, characées…
• l’actualisation des données historiques concernant les hydrophytes² patrimoniales³ ;
• une veille sur les plantes exotiques envahissantes des rivières.

Ces actions se sont déroulées en lien étroit avec les acteurs de l’eau (techniciens médiateurs de rivières, animateurs de sites Natura 2000, agents des fédérations départementales de pêche) pour favoriser la remontée de données et inclure des actions de formation et de sensibilisation.

Une méthode adaptée et reproductible

L’état des lieux repose sur un réseau de 336 tronçons de 50 mètres linéaires, répartis équitablement entre les quatre départements (figure 1), suivant un plan d'échantillonnage basé sur les masses d’eau⁴. Environ la moitié d’entre elles ont été sélectionnées de manière à être représentatives de la diversité géologique et paysagère de chaque département. Chacune de ces masses d’eau accueille entre un et trois tronçons, proportionnellement à son linéaire de cours d’eau. Les tronçons sont placés sur les herbiers les mieux développés et représentatifs des différentes végétations rencontrées. En l'absence d'hydrophytes observées dans une masse d'eau, une autre masse d’eau est alors choisie.

Au sein de chaque tronçon sont recensées les espèces végétales présentes dans le lit mineur : les plantes vasculaires – hydrophytes, hélophytes⁵, et parfois aussi des hémicryptophytes, les characées, et de manière optionnelle les bryophytes. Chacune d’elles se voit attribuer un coefficient d'abondance-dominance (Braun-Blanquet) sur l’ensemble de la surface du lit mineur (exondé ou non) sur 50 mètres linéaires, soit des superficies de relevé variant de quelques dizaines à plusieurs centaines de mètres carrés. Ce protocole se base sur des travaux entrepris au sein de sites Natura 2000 en Charente-Maritime à partir des années 2000 (Terrisse, 2001). Il diffère du protocole IBMR par une simplification des descripteurs morphologiques du cours d’eau qui se limitent à :

• coordonnées XY amont et aval (+ notes sur les éléments paysagers facilitant le repérage de ces deux points),
• largeur moyenne du lit mineur,
• hauteur d’eau moyenne,
• taux d’exondation du lit mineur,
• recouvrement des arbres et arbustes sur le lit mineur,
• granulométrie (répartition en trois classes : vase/sables, graviers/cailloux, pierres/blocs/dalles),
• vitesse du courant : stagnante, peu courante, courante, torrentielle, qui sont les quatre modalités de ce facteur dans l’Observatoire de la biodiversité végétale de Nouvelle-Aquitaine (Conservatoire botanique national Sud-Atlantique, 2025).

Parallèlement à ces relevés de tronçons, des données ponctuelles sont collectées : vérification d’anciennes stations d’espèces patrimoniales, et observations opportunistes notamment de plantes exotiques envahissantes ou patrimoniales.

Les données floristiques et certains descripteurs stationnels sont intégrés à l’Observatoire de la biodiversité végétale de Nouvelle-Aquitaine (Conservatoire botanique national Sud-Atlantique, 2025). Les autres descripteurs stationnels qui ne bénéficient pas de champs spécifiques dans cet observatoire sont publiés en supplementary files, avec un identifiant unique de relevé assurant la jonction avec les données floristiques.

De nombreuses données collectées mais une amélioration des connaissances toujours nécessaire

Au cours de ce programme, plus de six mille données ont été recueillies, dont près de trois mille relatives aux hydrophytes pour un total de soixante-quatre espèces d’hydrophytes contactées. Parmi elles, Nuphar lutea (36 % de tronçons), Lemna minor (35 % ), Lemna minuta (26 %), Callitriche obtusangula (26 %) ou encore Myriophyllum spicatum (18 %) sont les plus observées (photos 1 et 2).

Au sein de ce jeu de données, 10 % correspondent à des espèces dites patrimoniales (espèces inscrites sur des listes de protection ou de vulnérabilité) et 8,5 % concernent des espèces exotiques envahissantes.

Les characées sont des algues évoluées dont la connaissance demeure aujourd’hui lacunaire. Bien que leur diversité et leur développement soient plus marqués en milieu stagnant, ce programme a néanmoins permis d’identifier quatre espèces au sein des cours d’eau picto-charentais.

Les espèces recensées sont, par ordre décroissant de fréquence, Nitella mucronata, Chara vulgaris, Chara globularis et Nitella opaca, seule espèce patrimoniale de cette liste.

Les bryophytes ont été identifiées de manière opportuniste, avec un total de onze espèces observées (Aneura pinguis (L.) Dumort., 1822 ; Apopellia endiviifolia (Dicks.) Nebel & D.Quandt, 2016 ; Chiloscyphus polyanthos (L.) Corda, 1829 ; Cinclidotus riparius (Host ex Brid.) Arn., 1827 ; Fissidens crassipes Wilson ex Bruch & Schimp., 1849 ; Fissidens taxifolius Hedw., 1801 ; Fontinalis antipyretica Hedw., 1801 ; Hygroamblystegium fluviatile (Hedw.) Loeske, 1903 ; Leptodictyum riparium (Hedw.) Warnst., 1906 ; Rhynchostegium riparioides (Hedw.) Cardot, 1913 ; Ricciocarpos natans (L.) Corda, 1829). Une identification systématique aurait été pertinente, car ces plantes qui sont parfois les seules macrophytes présentes dans certaines portions de cours d’eau ombragées en tête de bassin versant, sont alors de très bons bio-indicateurs du niveau trophique de l’eau (Haury et al., 2008).

Un réseau hydrographique eutrophisé

Plusieurs indicateurs ont été calculés à partir des 336 relevés sur tronçons représentatifs des rivières de Poitou-Charentes :

• le recouvrement des hydrophytes, de 32 % en moyenne. Malgré la recherche d’herbiers bien développés pour installer un tronçon, ces derniers apparaissent peu denses et faiblement diversifiés en moyenne ;
• la diversité spécifique avec une moyenne de 3,6 hydrophytes vasculaires par tronçon. Sur la base d’un modèle non linéaire à effets mixtes⁶, il apparaît sans surprise que plus le cours d’eau est large et plus les herbiers sont diversifiés ;
• la patrimonialité des relevés. Toutes espèces végétales confondues (hydrophytes ou non), les tronçons hébergent en moyenne 0,6 espèce patrimoniale et 0,5 plante exotique envahissante.
• la valeur indicatrice moyenne « nutriments » des hydrophytes qui nous renseigne sur le niveau trophique des cours d’eau. Cet indicateur, basé sur le protocole IBMR, fait l’objet d’une présentation détaillée ci-dessous.

L’IBMR, indice biologique macrophytes rivières (protocole national normalisé, NF T90-395), constitue une valeur indicatrice du niveau trophique de la rivière sur la base de la moyenne des valeurs indicatrices de chaque espèce. Cet outil utilise le pouvoir indicateur de la flore pour renseigner certaines caractéristiques des milieux naturels difficilement mesurables. Dans le protocole IBMR, à chaque espèce est associée une valeur indicatrice sur une échelle de 0 à 20 : plus la valeur est proche de 0, plus son optimum en matière de richesse trophique du milieu est élevé (espèce/milieu eutrophe) ; plus la valeur est proche de 20, plus son optimum est faible (espèce/milieu oligotrophe).

Les observations de terrain, complétées par une synthèse bibliographique – publications en France métropolitaine, valeurs indicatrices de Julve (1998) ou d’Ellenberg et al. (1992), ou encore des équivalents européens de l’IBMR : STR, TIM⁷, etc. – mettent en évidence d’inévitables divergences par rapport aux valeurs spécifiques de l’IBMR. Les cotations de certaines espèces ne semblent pas refléter de manière satisfaisante les conditions écologiques observées sur leurs stations picto-charentaises. Ces constats rejoignent les conclusions de Fernez et Ferreira (2025) qui préconisent une révision des cotations spécifiques des espèces notamment sur la base de travaux récents (Dengler et al., 2023 ; Van Zuijlen et al., 2023).

Ce constat a motivé la création de valeurs spécifiques ajustées au territoire picto-charentais (annexe 1) en se basant sur la bibliographie à disposition et le dire d’expert (77 % des valeurs IBMR ont été ajustées). Nous avons fait le choix d’intégrer les hélophytes et les plantes exotiques envahissantes (choix discutable cependant car ces taxons ne sont pas retenus dans le protocole IBMR en raison de leur moindre caractère indicateur des caractéristiques trophiques de l’eau).

À partir des valeurs spécifiques de l’IBMR, la valeur indicatrice moyenne de nos tronçons est de 10,31 tous taxons confondus, et de 9,65 si on se limite aux hydrophytes et aux petites hélophytes turgescentes⁸.

À partir de nos valeurs spécifiques adaptées au Poitou-Charentes, ces valeurs moyennes sont de 8,0 et 8,09 respectivement pour ces mêmes cortèges. Cela permet de conclure à une qualité d’eau moyenne méso-eutrophe pour les cours d’eau du territoire picto-charentais (figure 2).

Les valeurs indicatrices moyennes varient sensiblement selon qu’on utilise l’IBMR classique ou ajusté (figure 3). L’IBMR ajusté classe majoritairement les cours d’eau du Poitou-Charentes comme mésotrophes à eutrophes, reflétant mieux leur état réel que l’IBMR classique, qui les classe dans le méso-oligotrophe. Les cours d’eau oligotrophes à mésotrophes sont assez rares et se cantonnent aux petits cours d’eau de sources et de tête de bassin versant. Sur la base d'un modèle non linéaire à effets mixtes, il apparaît sans surprise que plus le tronçon se situe dans des cours d’eau étroits (soit proche des têtes de bassin), plus les espèces sont d'un niveau trophique optimal faible.

Des études similaires menées à grande échelle sur les macrophytes des rivières sont peu nombreuses en France. Il est toutefois possible de comparer nos résultats avec une étude récente basée sur un réseau de 431 tronçons dans le bassin versant de la Seine (Fernez et Ferreira, 2025). La valeur moyenne IBMR obtenue dans cette étude est de 9,48. Cette valeur est en phase avec la valeur moyenne IBMR de 10,31 pour les cours d’eau du Poitou-Charentes. Ainsi, les rivières de ces vastes territoires de plaine aux paysages de grandes cultures, mais aussi de bocages et d’élevage en Poitou-Charentes, ont des eaux de qualité méso-eutrophe en moyenne.

Le positionnement des tronçons n’ayant pas tenu compte de la distance à la source, les têtes de bassins (crénon) sont sous-représentées (notamment en Charente Limousine et Gâtine deux-sévrienne) en raison de l’absence fréquente des hydrophytes vasculaires – dont la présence était requise pour installer un tronçon – dans ces secteurs où les cours d’eau sont souvent ombragés par la ripisylve. Les tronçons mis en place se concentrent donc sur des portions plus larges (rhitron inférieur). Par ailleurs, la faible prise en compte des bryophytes dans nos relevés est regrettable, leur intégration paraît indispensable à l’avenir pour affiner le diagnostic écologique car ce groupe constitue un très bon bio-indicateur de la valeur trophique des cours d’eau.

Mise à jour de la répartition des hydrophytes patrimoniales des rivières de Poitou-Charentes

À partir de rapports d’études des associations et de données diverses sur l’Observatoire de la biodiversité régionale de Nouvelle-Aquitaine (Conservatoire botanique national Sud-Atlantique, 2025), une liste des stations historiques (données de 1901 à 2022) d'espèces patrimoniales a été établie. Une station d’espèce patrimoniale a été définie comme une observation d’une espèce par année et par masse d’eau. Cent deux stations plus ou moins anciennes ont été contrôlées, et l’espèce visée a été retrouvée dans 49 % d’entre elles. Parmi les quarante-six stations datant de plus de dix ans, le taux de redécouverte est de 41 % ; parmi les vingt-cinq stations datant de plus de cinquante ans, le taux de redécouverte est de 28 %. Les données les plus anciennes correspondent presque exclusivement à des relevés de 1963 dans la Sèvre niortaise entre Niort et La Mothe Saint-Héray (Deux-Sèvres). Il n’a pas été trouvé d’autres relevés si anciens et exploitables, les mentions historiques d’hydrophytes manquant alors le plus souvent de précision géographique.

En plus du contrôle de stations anciennes, d’autres stations d’espèces patrimoniales ont été découvertes de manière opportuniste lors de la recherche d'herbiers pour installer des tronçons de suivi. C’est ainsi que trente-quatre espèces végétales patrimoniales ont été observées au cours des deux années de prospection, tant dans les tronçons de suivi (vingt-six espèces) qu’à partir de données ponctuelles opportunistes (tableau 1).

Le réseau de 336 tronçons de suivi, représentatif des cours d’eau de Poitou-Charentes, apporte des informations sur la fréquence des différentes espèces (figure 4). Deux espèces patrimoniales sont retrouvées dans 10 % des tronçons : Berula erecta et Lemna trisulca (photo 3), principalement dans le département de la Charente. En revanche, malgré l'exploration de plusieurs centaines de kilomètres de cours d'eau, Oenanthe fluviatilis, une espèce rare et menacée d'extinction, n'a été observée que deux fois en Vienne (dont une nouvelle station) et une fois en Charente (nouvelle station). Cette espèce n’a pas été revue dans sept stations plus ou moins anciennes contrôlées dans chacun des quatre départements.

Des plantes exotiques envahissantes observées dans plus d’un tiers des tronçons sur les rivières de Poitou-Charentes.

À l’échelle des tronçons de suivi, 38 % d’entre eux montrent la présence d’au moins une plante exotique envahissante (PEE), pour un total de douze espèces exotiques observées, dont six hydrophytes (tableau 2). Les deux espèces les plus représentées sont Lemna minuta, observée dans plus d’un quart des tronçons, avec un faible recouvrement ne dépassant généralement pas les 5 %, et Ludwigia peploides, présente dans 10 % des tronçons de suivi. Cette dernière pose de lourds problèmes écologiques (baisse de la biodiversité végétale des hydrophytes et des espèces des grèves) avec parfois de forts recouvrements.

En complément, les données ponctuelles ont permis d’augmenter le nombre d’espèces exotiques observées à vingt-deux, dont onze hydrophytes. La plupart d’entre elles sont cependant connues de longue date dans nos cours d’eau, et se sont répandues sur un grand nombre de masses d’eau au cours de ces dernières années ou décennies. Il est souvent difficile de connaître l’année précise de leur introduction. Concernant les deux espèces les plus courantes dans les relevés, plusieurs sources ont néanmoins permis d’avoir une bonne idée des premières observations en France : les premières mentions de Lemna minuta proviennent du lac Marion à Biarritz en 1965, tandis que celles de Ludwigia peploides proviennent des rives du Lez à Montpellier durant les années 1820 (Lamand, 2015 ; Muller, 2004).

Les prospections ont amélioré la connaissance chorologique de ces espèces. Elles ont aussi permis de confirmer la présence d’une nouvelle PEE, identifiée pour la première fois en 2022 à Saintes (17) dans le fleuve Charente : Vallisneria cf. australis. Cette espèce a été confirmée génétiquement en Franche-Comté et en Gironde (Dutartre, 2022, 2024), mais elle reste à confirmer sur la Charente. Pour l’heure, elle est cantonnée au fleuve Charente entre Saintes et Taillebourg ; son expansion doit être surveillée en raison de son fort pouvoir colonisateur (photo 4).

Conclusion

L’état de conservation des végétations aquatiques des rivières était jusqu’à présent peu étudié et de nombreuses personnes imaginaient une dégradation globale de ces végétations sur la dernière décennie. Un projet d’études réfléchi depuis dix ans sur la flore des rivières du Poitou-Charentes a émergé afin de combler cette lacune. Il reposait sur un réseau de 336 tronçons (selon un protocole inspiré de l’IBMR) qui ont vocation à être le support d’un suivi diachronique.

Nos résultats montrent que ces tronçons n’hébergent pas moins de douze plantes exotiques envahissantes, connues de longue date dans la région. Ils abritent aussi vingt-six espèces patrimoniales.

Sur la base de la valeur indicatrice de la flore, les cours d’eau du Poitou-Charentes sont en moyenne mésotrophes à eutrophes selon les valeurs spécifiques que nous avons définies sur base bibliographique et dire d’expert ; a contrario des valeurs IBMR de référence qui classent ces mêmes cours d’eau dans le méso-oligotrophe. Quoi qu’il en soit, ces résultats n’ont pas vocation à être interprétés davantage ici ; ils constituent avant tout un état initial en 2023 et 2024 dans le cadre d’un suivi diachronique ; ils pourront être comparés avec une prochaine lecture de ce réseau de tronçons dans cinq, dix ou vingt ans afin de suivre l’évolution de la qualité de l’eau des rivières de Poitou-Charentes. L’ensemble des données ont été saisies dans l’Observatoire de la biodiversité végétale de Nouvelle-Aquitaine (https://obv-na.fr/), à l’exception de certains descripteurs écologiques des tronçons qui se trouvent en supplementary files.

Remerciements

Nous remercions les techniciens médiateurs de rivière, les animateurs de sites Natura 2000, le personnel des fédérations de pêche, ainsi que les bénévoles des associations qui ont contribué à cet état des lieux en signalant des herbiers ou des stations d’espèces patrimoniales qu'ils connaissaient.

Le protocole a bénéficié des conseils avisés d'Olivier Gore (EPMP), Odile Cardot (PNR du Marais poitevin), Nicolas Pipet et Laure Theunissen (IIBSN), Anthony Le Fouler, Romain Bissot et Eva Richez (CBN Sud-Atlantique).

Cet état des lieux de la flore des rivières de Poitou-Charentes a été réalisé avec le soutien financier de la Région Nouvelle-Aquitaine et du Fonds européen de développement régional (FEDER).

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Photo d’entête : B. Besse.